基于Scanpy的scRNA简单分析

吕晖课题组-肿瘤研究方向 组会安排信息板

版栏目更新肿瘤研究方向组会信息,方便同组同学查看,提前准备组会内容或提供腾讯会议链接。每周三不定期更新,建议加入收藏夹随时查看。

DNA二代测序数据的SNP挖掘基础流程

基于GATK基础流程使用的代码合集与简单解释

Amber用户自定义小分子力场搭建

在我们常见的体系中大量存在特殊的分子,有的是与蛋白质不直接共价结合的配体或未反应底物,有的是与氨基酸存在共价连接所构成的特殊氨基酸。这些特殊的单元并不能在Amber自带的标准力场数据库中直接调用现成的参数进行分子动力学模拟,因此我们需要为每一个特殊的体系构建自己需要的自定义分子力场。初版由范烁冰撰写于2016年,后经多年实践,勘误校订后总结成文。

三维曲面能量展示与移动最小二乘法光滑化的Python实现

在计算化学中我们不可避免的会遇到能量在反应坐标系中的展示。在一维反应坐标系中我们的能量变化是一条弯曲的曲线,而二维反应坐标系中,能量的变化将是一个起伏波动的曲面。在`Python`中我们可以通过`Matplotlib`这一程序包来实现数据的可视化。不简单的是,我的实验数据存在随机误差,所以做出的曲面也许不够光滑,因此我们需要使用移动最小二乘法来光滑化我们的实验数据曲面。

一种基于隐马尔科夫模型的股价涨跌区间预测方法

股票作为现代经济中一种重要的融资手段正在被广泛的使用在商业以及个人投资领域。对于股票的甄别选自也有种类繁多的体系与理论。以前重要的两个派别是技术指标派和K线派,但随着近年来计算机的普及与性能的提升,通过编制特定的程序控制买卖时间点的量化交易派逐渐兴起。本文将以隐马尔科夫模型为判别模型,考察其在应用与股票投资上的适合性。